该所依托医科大学的雄厚技术资源和人才优势，于2002年6月经江苏省司法厅批准正式成立的社会鉴定机构，并由最高人民法院向全国公示，其前身是南京医科大学法医学教研室，早在上世纪五十年代就开始从事法医鉴定工作。2005年3月在原有“南京医科大学司法鉴定所”基础上挂牌增设“江苏省妇女伤情鉴定中心”，2013年获得“江苏省司法鉴定先进集体”称号；2016年获得司法部司法鉴定管理局第二届“宋慈杯”优秀奖2；019年获得“全国公共法律服务工作先进集体”称号。 该所现有专业司法鉴定人22名，其中法医病理类鉴定人14名、法医临床类鉴定人15名、法医物证类鉴定人6名，具有高级职称11名，研究生以上学历的占54.5%；下设法医生物学实验室、解剖室、法医病理实验室、法医临床实验室（电生理检测等）、法医毒物实验室五个实验室，拥有专业检查、检测仪器（3130型全自动遗传分析仪、图像分析系统、视听觉电生理系统等、液相色谱质谱联用仪、顶空气相色谱仪、气相色谱质谱联用仪），总资产达800余万元。

该所经江苏省司法厅批准，于2006年11月成立，并依托建院有20年历史、集医疗、教学、科研为一体的南京金陵中西医结合医院（原南京金陵男科医院），拥有性功能障碍实验室、性功能特检室、夜间阴茎勃起监测（NPT）室、彩色多普勒超声波室、临床检验中心等科室，按照司法部《司法鉴定机构仪器设备配置标准》要求配置全套性功能障碍实验室特殊检测仪器，专业从事男性性功能鉴定，为道路交通事故、职工工伤、人身伤害、医疗纠纷、婚姻纠纷、涉嫌性侵害等案件中涉及性功能的问题提供法律依据。

南京金陵司法鉴定所于2006年成立，鉴定业务范围有法医临床鉴定、法医病理鉴定、医疗损害鉴定、文书鉴定、痕迹鉴定等。 南京金陵司法鉴定所拥有共聚焦显微拉曼光谱仪、文痕检仪、神经电检诊仪、生物显微镜系统、金相显微镜系统、比较显微镜、体式显微镜、荧光显微镜、全套病理设备等各类中大型仪器30余台；全所现有工作人员四十四人，其中司法鉴定人二十九人，副高以上职称的鉴定人十八人，还聘请了包括医学临床各科主任、副主任医师等近七十人的外部专家团队。历年来出具的鉴定意见被法院、仲裁等机关广泛采纳，其中多例案件被中央电视台、各级媒体广泛报道，获得良好社会影响和评价。 2009年南京金陵司法鉴定所先后通过了中国合格评定国家认可委员会的认可和中国国家认证认可监督管理委员会资质认定，并相继获得《CNAS检查机构认可证书》和《资质认定审查认可证书》，成为江苏省首家全项通过CNAS认可的综合性司法鉴定机构。 自2008年以来，金陵所在参加司法部组织的能力验证满意通过率达96%；在全国优秀司法鉴定文书评选活动中连续获奖，其中“鼎永杯”二等奖、三等奖各一次，“宋慈杯”二等奖、三等奖各一次。