该所依托医科大学的雄厚技术资源和人才优势，于2002年6月经江苏省司法厅批准正式成立的社会鉴定机构，并由最高人民法院向全国公示，其前身是南京医科大学法医学教研室，早在上世纪五十年代就开始从事法医鉴定工作。2005年3月在原有“南京医科大学司法鉴定所”基础上挂牌增设“江苏省妇女伤情鉴定中心”，2013年获得“江苏省司法鉴定先进集体”称号；2016年获得司法部司法鉴定管理局第二届“宋慈杯”优秀奖2；019年获得“全国公共法律服务工作先进集体”称号。 该所现有专业司法鉴定人22名，其中法医病理类鉴定人14名、法医临床类鉴定人15名、法医物证类鉴定人6名，具有高级职称11名，研究生以上学历的占54.5%；下设法医生物学实验室、解剖室、法医病理实验室、法医临床实验室（电生理检测等）、法医毒物实验室五个实验室，拥有专业检查、检测仪器（3130型全自动遗传分析仪、图像分析系统、视听觉电生理系统等、液相色谱质谱联用仪、顶空气相色谱仪、气相色谱质谱联用仪），总资产达800余万元。

该所是经省司法厅核准的具有独立法人地位的第三方司法鉴定机构，是从事法医学司法鉴定的专业机构。 该所依托法医学会和同仁医院的雄厚实力，拥有一流专家团队，鉴定人具多年法医学实践，具有丰富实践经验。

该所是经江苏省司法厅批准成立的具有独立法人资格的司法鉴定机构，目前开展法医临床鉴定项目。 该所现有执业司法鉴定人6人，鉴定人助理3人，其中具有高级职称4人，有博士学位2人，硕士学位1人，本科4人，大专1人，中专1人。目前接受全国公、检、法、司等机关以及企事业单位、社会团体和个人的委托，对诉讼、仲裁等活动中所涉及的法医临床类的专门性问题进行检验、鉴别和判定。

南京正泓司法鉴定所于2014年5月经江苏省司法厅审核批准成立，是独立法人性质的专业法医类司法鉴定机构（统一社会信用代码：343200003025353937；资质认定证书编号：181007030390），由江苏省司法厅统一编入江苏省《国家司法鉴定人和司法鉴定机构名册》，并纳入江苏省最高人民法院司法鉴定机构平台，向社会公告。 鉴定所秉承“笃诚、唯公、察微、见真”的价值理念，面向社会接受各级司法机关、仲裁机构、社会法人、其他组织以及个人的委托，从事法医病理、法医临床有关问题的司法鉴定和技术咨询，致力于为案（事）件诉讼、仲裁、依法处理提供公平、公正、客观、严谨的科学证据。

江苏环保产业技术研究院股份公司（以下简称“苏环院”）是江苏省环境科学研究院环评改制设立的科技型服务企业。公司主要从事生态与环境保护技术的研发与应用，提供环保高新技术成果转化与产业化服务，生态与环境保护领域管理与技术顾问服务。 江苏环保产业技术研究院股份公司司法鉴定所（以下简称“苏环所”）是依托于苏环院依法设立的司法鉴定机构，是独立于公检法系统之外的第三方鉴定机构，鉴定结论具有法律效力。苏环所在国家司法鉴定名录网和江苏高院网站均已注册登记。

南京金陵司法鉴定所于2006年成立，鉴定业务范围有法医临床鉴定、法医病理鉴定、医疗损害鉴定、文书鉴定、痕迹鉴定等。 南京金陵司法鉴定所拥有共聚焦显微拉曼光谱仪、文痕检仪、神经电检诊仪、生物显微镜系统、金相显微镜系统、比较显微镜、体式显微镜、荧光显微镜、全套病理设备等各类中大型仪器30余台；全所现有工作人员四十四人，其中司法鉴定人二十九人，副高以上职称的鉴定人十八人，还聘请了包括医学临床各科主任、副主任医师等近七十人的外部专家团队。历年来出具的鉴定意见被法院、仲裁等机关广泛采纳，其中多例案件被中央电视台、各级媒体广泛报道，获得良好社会影响和评价。 2009年南京金陵司法鉴定所先后通过了中国合格评定国家认可委员会的认可和中国国家认证认可监督管理委员会资质认定，并相继获得《CNAS检查机构认可证书》和《资质认定审查认可证书》，成为江苏省首家全项通过CNAS认可的综合性司法鉴定机构。 自2008年以来，金陵所在参加司法部组织的能力验证满意通过率达96%；在全国优秀司法鉴定文书评选活动中连续获奖，其中“鼎永杯”二等奖、三等奖各一次，“宋慈杯”二等奖、三等奖各一次。

南京东南司法鉴定中心是经江苏省司法厅批准成立，受南京市司法局直接管理具有独立法人资格的综合性司法鉴定机构，通过国家认证认可和国家司法鉴定机构资质认定的权威鉴定机构，主要从事文书、痕迹、法医临床、法医病理、法医物证（各类亲子鉴定、个体识别）、法医毒化（包括酒精测试）、微量物证、心理测试、电子数据等司法鉴定实践及理论研究工作。中心拥有现代化仪器设备和办公场所，高技术职称和高学历人才优势明显。多年来，中心一直秉承“公正科学、及时准确、以法律己、优质服务”的质量方针，持续不断地为诉讼、仲裁等领域的当事人提供全面的专业问题解决方案。

江苏省环境科学研究院于2014年5月被列入“江苏省人民法院委托鉴定机构电子信息平台”，是省法院系统具有环境污染损害鉴定、环境监测、工程设计、咨询等4大类鉴定类别的鉴定机构。2016年2月，江苏省环境科学研究院被列入环境保护部环境损害鉴定评估推荐机构名录（第二批）（环办政法[2016]10号），推荐从事环境损害鉴定评估工作。江苏省环境科学研究院司法鉴定所以江苏省环境科学研究院环境工程重点实验室为基础于2018年5月设立，从事环境污染物性质鉴定（危险废物鉴定、有毒物质鉴定、污染物物理化学鉴定，以认证认可项目为限）；地表水和沉积物环境损害鉴定；空气污染环境损害鉴定；土壤与地下水环境损害鉴定；生态系统环境损害鉴定；其他环境损害鉴定噪声污染损害鉴定（噪声）等（确定生态环境遭受损害性质、范围、程度；评定因果关系；评定污染治理与运行成本；评定防止损害扩大；修复生态环境的措施或方案）司法鉴定工作。

生态环境部（原环境保护部）南京环境科学研究所司法鉴定所是经江苏省司法厅批准成立的专业司法鉴定机构，是独立于公检法系统之外的第三方鉴定机构，鉴定结果具有法律效力。核定开展的鉴定业务有：环境污染物性质鉴定（危险废物鉴定，有毒物质鉴定，污染物物理化学性质鉴定，以认证认可项目为限）；地表水和沉积物环境损害鉴定、空气污染环境损害鉴定、土壤与地下水环境损害鉴定、近海海洋与海岸带环境损害鉴定、生态系统环境损害鉴定、其他环境损害鉴定（噪声）等（确定生态环境遭受损害的性质、范围、程度；评定因果关系；评定污染治理与运行成本；评定防止损害扩大、修复生态环境的措施或方案）。在省、市司法行政机关的管理、指导和监督下，鉴定所秉乘“依法公正、科学求真”的践行方针，依托生态环境部直属公益性科研机构、科研实力雄厚的生态环境部南京环境科学研究所为平台，致力于为司法机关、仲裁机构、行政执法部门、企事业单位、社会团体及公民个人的仲裁、诉讼需求提供科学依据。

江苏省理化测试中心司法鉴定所是依托江苏省理化测试中心成立的司法鉴定机构，是南京市司法鉴定协会环境损害和理化专委会主任委员单位。机构于2012年8月正式获得司法厅颁发的司法鉴定许可证，许可范围：微量物证鉴定、环境损害鉴定（环境污染物性质鉴定（危险废物鉴定、有毒物质鉴定、污染物物理化学性质鉴定））。 　　司鉴所质量管理体系健全，目前获得检验检测机构资质认定（CMA）的检测项目约2600项，获得中国合格评定国家认可委员会实验室认可（CNAS）的检测项目约300项，主要涉及食品、环境、药品、化工等领域检测能力。 　　司鉴所承接的“涉案检材中罂粟碱、吗啡、那可丁、可待因和蒂巴因含量的鉴定”、“‘隆源村枣夹核桃仁’产品中脂肪含量的鉴定案”、“对承揽合同纠纷所涉设备进水出水水样COD含量进行微量物质物证鉴定案”等多个意见书被评为“江苏省优秀司法鉴定文书”，并收录在司法部司法行政案例库中。2017年司鉴所1人被南京市司法局评为“南京市首届十佳司法鉴定人”。