江苏省环境科学研究院于2014年5月被列入“江苏省人民法院委托鉴定机构电子信息平台”，是省法院系统具有环境污染损害鉴定、环境监测、工程设计、咨询等4大类鉴定类别的鉴定机构。2016年2月，江苏省环境科学研究院被列入环境保护部环境损害鉴定评估推荐机构名录（第二批）（环办政法[2016]10号），推荐从事环境损害鉴定评估工作。江苏省环境科学研究院司法鉴定所以江苏省环境科学研究院环境工程重点实验室为基础于2018年5月设立，从事环境污染物性质鉴定（危险废物鉴定、有毒物质鉴定、污染物物理化学鉴定，以认证认可项目为限）；地表水和沉积物环境损害鉴定；空气污染环境损害鉴定；土壤与地下水环境损害鉴定；生态系统环境损害鉴定；其他环境损害鉴定噪声污染损害鉴定（噪声）等（确定生态环境遭受损害性质、范围、程度；评定因果关系；评定污染治理与运行成本；评定防止损害扩大；修复生态环境的措施或方案）司法鉴定工作。