该所经江苏省司法厅批准，于2006年11月成立，并依托建院有20年历史、集医疗、教学、科研为一体的南京金陵中西医结合医院（原南京金陵男科医院），拥有性功能障碍实验室、性功能特检室、夜间阴茎勃起监测（NPT）室、彩色多普勒超声波室、临床检验中心等科室，按照司法部《司法鉴定机构仪器设备配置标准》要求配置全套性功能障碍实验室特殊检测仪器，专业从事男性性功能鉴定，为道路交通事故、职工工伤、人身伤害、医疗纠纷、婚姻纠纷、涉嫌性侵害等案件中涉及性功能的问题提供法律依据。

江苏省人民医院司法鉴定所为2005年首批成立的司法鉴定机构，分设法医物证（亲权鉴定）和法医临床两个专业。已取得中国国家认证认可监督管理委员会颁发的资质认定证书（CMA）、中国合格评定国家认可委员会颁发的实验室认可证书(CNAS),是通过国家级评定的鉴定机构，鉴定意见书国际互认。亲权鉴定工作始于2000年，是江苏省最早应用DNA-STR技术进行亲权鉴定的实验室。目前已完成鉴定案例2万例以上，为省内亲权鉴定工作的重点单位。是江苏省法医物证专业委员会主任委员单位、南京市司法鉴定协会副会长和秘书长单位。

南京金陵司法鉴定所于2006年成立，鉴定业务范围有法医临床鉴定、法医病理鉴定、医疗损害鉴定、文书鉴定、痕迹鉴定等。 南京金陵司法鉴定所拥有共聚焦显微拉曼光谱仪、文痕检仪、神经电检诊仪、生物显微镜系统、金相显微镜系统、比较显微镜、体式显微镜、荧光显微镜、全套病理设备等各类中大型仪器30余台；全所现有工作人员四十四人，其中司法鉴定人二十九人，副高以上职称的鉴定人十八人，还聘请了包括医学临床各科主任、副主任医师等近七十人的外部专家团队。历年来出具的鉴定意见被法院、仲裁等机关广泛采纳，其中多例案件被中央电视台、各级媒体广泛报道，获得良好社会影响和评价。 2009年南京金陵司法鉴定所先后通过了中国合格评定国家认可委员会的认可和中国国家认证认可监督管理委员会资质认定，并相继获得《CNAS检查机构认可证书》和《资质认定审查认可证书》，成为江苏省首家全项通过CNAS认可的综合性司法鉴定机构。 自2008年以来，金陵所在参加司法部组织的能力验证满意通过率达96%；在全国优秀司法鉴定文书评选活动中连续获奖，其中“鼎永杯”二等奖、三等奖各一次，“宋慈杯”二等奖、三等奖各一次。

该所是2009年9月经江苏省司法厅许可成立的南京市江北地区第一家法医临床学司法鉴定所。该所有11名司法鉴定人，具有高级技术职称7名、中级技术职称3名、初级技术职称1名；其中2名司法鉴定人是具有高级技术职称，且已从事法医工作数十年的专业人员。 该所母体单位是南京江北人民医院（原中国石化集团南化公司医院），是南京江北地区规模最大、技术力量最强、功能最齐全的综合性三级医院。具有鉴定工作需要的核磁共振、电测听及脑干诱发电位仪等检查设备。

南京东南司法鉴定中心是经江苏省司法厅批准成立，受南京市司法局直接管理具有独立法人资格的综合性司法鉴定机构，通过国家认证认可和国家司法鉴定机构资质认定的权威鉴定机构，主要从事文书、痕迹、法医临床、法医病理、法医物证（各类亲子鉴定、个体识别）、法医毒化（包括酒精测试）、微量物证、心理测试、电子数据等司法鉴定实践及理论研究工作。中心拥有现代化仪器设备和办公场所，高技术职称和高学历人才优势明显。多年来，中心一直秉承“公正科学、及时准确、以法律己、优质服务”的质量方针，持续不断地为诉讼、仲裁等领域的当事人提供全面的专业问题解决方案。