南京金陵司法鉴定所于2006年成立，鉴定业务范围有法医临床鉴定、法医病理鉴定、医疗损害鉴定、文书鉴定、痕迹鉴定等。 南京金陵司法鉴定所拥有共聚焦显微拉曼光谱仪、文痕检仪、神经电检诊仪、生物显微镜系统、金相显微镜系统、比较显微镜、体式显微镜、荧光显微镜、全套病理设备等各类中大型仪器30余台；全所现有工作人员四十四人，其中司法鉴定人二十九人，副高以上职称的鉴定人十八人，还聘请了包括医学临床各科主任、副主任医师等近七十人的外部专家团队。历年来出具的鉴定意见被法院、仲裁等机关广泛采纳，其中多例案件被中央电视台、各级媒体广泛报道，获得良好社会影响和评价。 2009年南京金陵司法鉴定所先后通过了中国合格评定国家认可委员会的认可和中国国家认证认可监督管理委员会资质认定，并相继获得《CNAS检查机构认可证书》和《资质认定审查认可证书》，成为江苏省首家全项通过CNAS认可的综合性司法鉴定机构。 自2008年以来，金陵所在参加司法部组织的能力验证满意通过率达96%；在全国优秀司法鉴定文书评选活动中连续获奖，其中“鼎永杯”二等奖、三等奖各一次，“宋慈杯”二等奖、三等奖各一次。

南京东南司法鉴定中心是经江苏省司法厅批准成立，受南京市司法局直接管理具有独立法人资格的综合性司法鉴定机构，通过国家认证认可和国家司法鉴定机构资质认定的权威鉴定机构，主要从事文书、痕迹、法医临床、法医病理、法医物证（各类亲子鉴定、个体识别）、法医毒化（包括酒精测试）、微量物证、心理测试、电子数据等司法鉴定实践及理论研究工作。中心拥有现代化仪器设备和办公场所，高技术职称和高学历人才优势明显。多年来，中心一直秉承“公正科学、及时准确、以法律己、优质服务”的质量方针，持续不断地为诉讼、仲裁等领域的当事人提供全面的专业问题解决方案。

南京康宁司法鉴定中心是经江苏省司法厅批准，依法设立具有独立法人资格的司法鉴定机构（司法鉴定许可证号：320114021），是独立于公检法系统之外的第三方鉴定机构，鉴定结论具有法律效力，为公检法司所认可。目前已核定开展的鉴定业务有：法医临床鉴定、法医病理鉴定、法医毒物鉴定、法医物证鉴定、文书鉴定、痕迹鉴定，声像资料鉴定、电子数据鉴定。其中DNA（亲子鉴定、亲权鉴定等）、笔迹、指纹、道路交通事故技术、声纹统一性、语音资料和录音文件的分析处理及真实性、视频图像的分析处理及原始性和真实性、电子数据恢复、文件一致性等鉴定位居行业前沿领域。

江苏省理化测试中心司法鉴定所是依托江苏省理化测试中心成立的司法鉴定机构，是南京市司法鉴定协会环境损害和理化专委会主任委员单位。机构于2012年8月正式获得司法厅颁发的司法鉴定许可证，许可范围：微量物证鉴定、环境损害鉴定（环境污染物性质鉴定（危险废物鉴定、有毒物质鉴定、污染物物理化学性质鉴定））。 　　司鉴所质量管理体系健全，目前获得检验检测机构资质认定（CMA）的检测项目约2600项，获得中国合格评定国家认可委员会实验室认可（CNAS）的检测项目约300项，主要涉及食品、环境、药品、化工等领域检测能力。 　　司鉴所承接的“涉案检材中罂粟碱、吗啡、那可丁、可待因和蒂巴因含量的鉴定”、“‘隆源村枣夹核桃仁’产品中脂肪含量的鉴定案”、“对承揽合同纠纷所涉设备进水出水水样COD含量进行微量物质物证鉴定案”等多个意见书被评为“江苏省优秀司法鉴定文书”，并收录在司法部司法行政案例库中。2017年司鉴所1人被南京市司法局评为“南京市首届十佳司法鉴定人”。