该所依托医科大学的雄厚技术资源和人才优势，于2002年6月经江苏省司法厅批准正式成立的社会鉴定机构，并由最高人民法院向全国公示，其前身是南京医科大学法医学教研室，早在上世纪五十年代就开始从事法医鉴定工作。2005年3月在原有“南京医科大学司法鉴定所”基础上挂牌增设“江苏省妇女伤情鉴定中心”，2013年获得“江苏省司法鉴定先进集体”称号；2016年获得司法部司法鉴定管理局第二届“宋慈杯”优秀奖2；019年获得“全国公共法律服务工作先进集体”称号。 该所现有专业司法鉴定人22名，其中法医病理类鉴定人14名、法医临床类鉴定人15名、法医物证类鉴定人6名，具有高级职称11名，研究生以上学历的占54.5%；下设法医生物学实验室、解剖室、法医病理实验室、法医临床实验室（电生理检测等）、法医毒物实验室五个实验室，拥有专业检查、检测仪器（3130型全自动遗传分析仪、图像分析系统、视听觉电生理系统等、液相色谱质谱联用仪、顶空气相色谱仪、气相色谱质谱联用仪），总资产达800余万元。

该中心是司法鉴定体制改革后首家经江苏省司法厅批准成立的司法鉴定中心。该中心主要依托南京师范大学与司法鉴定技术相关的各研究机构和实验室开展鉴定活动和鉴定技术的探索。现拥有21名司法厅批准的鉴定人员，其中拥有教授、研究员、高级工程师等高级职称18人，中级职称3人。中心拥有价值共计八百余万元的固定资产。

南京红十字血液中心司法鉴定所是2005年经江苏省司法厅首批审核批准设立的江苏省第一家司法鉴定所。司法鉴定所建有设备先进的分子生物学实验室，业务范围为法医物证鉴定（亲权鉴定）。从90年代开始通过血型检验技术进行亲子鉴定并多次为司法鉴定咨询提供服务，到2000年以后建立以DNA测序为基础的STR方法，司法鉴定所开展亲子鉴定工作已有近二十年历史。

该所是2009年9月经江苏省司法厅许可成立的南京市江北地区第一家法医临床学司法鉴定所。该所有11名司法鉴定人，具有高级技术职称7名、中级技术职称3名、初级技术职称1名；其中2名司法鉴定人是具有高级技术职称，且已从事法医工作数十年的专业人员。 该所母体单位是南京江北人民医院（原中国石化集团南化公司医院），是南京江北地区规模最大、技术力量最强、功能最齐全的综合性三级医院。具有鉴定工作需要的核磁共振、电测听及脑干诱发电位仪等检查设备。

南京金陵司法鉴定所于2006年成立，鉴定业务范围有法医临床鉴定、法医病理鉴定、医疗损害鉴定、文书鉴定、痕迹鉴定等。 南京金陵司法鉴定所拥有共聚焦显微拉曼光谱仪、文痕检仪、神经电检诊仪、生物显微镜系统、金相显微镜系统、比较显微镜、体式显微镜、荧光显微镜、全套病理设备等各类中大型仪器30余台；全所现有工作人员四十四人，其中司法鉴定人二十九人，副高以上职称的鉴定人十八人，还聘请了包括医学临床各科主任、副主任医师等近七十人的外部专家团队。历年来出具的鉴定意见被法院、仲裁等机关广泛采纳，其中多例案件被中央电视台、各级媒体广泛报道，获得良好社会影响和评价。 2009年南京金陵司法鉴定所先后通过了中国合格评定国家认可委员会的认可和中国国家认证认可监督管理委员会资质认定，并相继获得《CNAS检查机构认可证书》和《资质认定审查认可证书》，成为江苏省首家全项通过CNAS认可的综合性司法鉴定机构。 自2008年以来，金陵所在参加司法部组织的能力验证满意通过率达96%；在全国优秀司法鉴定文书评选活动中连续获奖，其中“鼎永杯”二等奖、三等奖各一次，“宋慈杯”二等奖、三等奖各一次。

南京正泓司法鉴定所于2014年5月经江苏省司法厅审核批准成立，是独立法人性质的专业法医类司法鉴定机构（统一社会信用代码：343200003025353937；资质认定证书编号：181007030390），由江苏省司法厅统一编入江苏省《国家司法鉴定人和司法鉴定机构名册》，并纳入江苏省最高人民法院司法鉴定机构平台，向社会公告。 鉴定所秉承“笃诚、唯公、察微、见真”的价值理念，面向社会接受各级司法机关、仲裁机构、社会法人、其他组织以及个人的委托，从事法医病理、法医临床有关问题的司法鉴定和技术咨询，致力于为案（事）件诉讼、仲裁、依法处理提供公平、公正、客观、严谨的科学证据。

南京东南司法鉴定中心是经江苏省司法厅批准成立，受南京市司法局直接管理具有独立法人资格的综合性司法鉴定机构，通过国家认证认可和国家司法鉴定机构资质认定的权威鉴定机构，主要从事文书、痕迹、法医临床、法医病理、法医物证（各类亲子鉴定、个体识别）、法医毒化（包括酒精测试）、微量物证、心理测试、电子数据等司法鉴定实践及理论研究工作。中心拥有现代化仪器设备和办公场所，高技术职称和高学历人才优势明显。多年来，中心一直秉承“公正科学、及时准确、以法律己、优质服务”的质量方针，持续不断地为诉讼、仲裁等领域的当事人提供全面的专业问题解决方案。