南京东南司法鉴定中心是经江苏省司法厅批准成立，受南京市司法局直接管理具有独立法人资格的综合性司法鉴定机构，通过国家认证认可和国家司法鉴定机构资质认定的权威鉴定机构，主要从事文书、痕迹、法医临床、法医病理、法医物证（各类亲子鉴定、个体识别）、法医毒化（包括酒精测试）、微量物证、心理测试、电子数据等司法鉴定实践及理论研究工作。中心拥有现代化仪器设备和办公场所，高技术职称和高学历人才优势明显。多年来，中心一直秉承“公正科学、及时准确、以法律己、优质服务”的质量方针，持续不断地为诉讼、仲裁等领域的当事人提供全面的专业问题解决方案。

南京金陵司法鉴定所于2006年成立，鉴定业务范围有法医临床鉴定、法医病理鉴定、医疗损害鉴定、文书鉴定、痕迹鉴定等。 南京金陵司法鉴定所拥有共聚焦显微拉曼光谱仪、文痕检仪、神经电检诊仪、生物显微镜系统、金相显微镜系统、比较显微镜、体式显微镜、荧光显微镜、全套病理设备等各类中大型仪器30余台；全所现有工作人员四十四人，其中司法鉴定人二十九人，副高以上职称的鉴定人十八人，还聘请了包括医学临床各科主任、副主任医师等近七十人的外部专家团队。历年来出具的鉴定意见被法院、仲裁等机关广泛采纳，其中多例案件被中央电视台、各级媒体广泛报道，获得良好社会影响和评价。 2009年南京金陵司法鉴定所先后通过了中国合格评定国家认可委员会的认可和中国国家认证认可监督管理委员会资质认定，并相继获得《CNAS检查机构认可证书》和《资质认定审查认可证书》，成为江苏省首家全项通过CNAS认可的综合性司法鉴定机构。 自2008年以来，金陵所在参加司法部组织的能力验证满意通过率达96%；在全国优秀司法鉴定文书评选活动中连续获奖，其中“鼎永杯”二等奖、三等奖各一次，“宋慈杯”二等奖、三等奖各一次。

生态环境部（原环境保护部）南京环境科学研究所司法鉴定所是经江苏省司法厅批准成立的专业司法鉴定机构，是独立于公检法系统之外的第三方鉴定机构，鉴定结果具有法律效力。核定开展的鉴定业务有：环境污染物性质鉴定（危险废物鉴定，有毒物质鉴定，污染物物理化学性质鉴定，以认证认可项目为限）；地表水和沉积物环境损害鉴定、空气污染环境损害鉴定、土壤与地下水环境损害鉴定、近海海洋与海岸带环境损害鉴定、生态系统环境损害鉴定、其他环境损害鉴定（噪声）等（确定生态环境遭受损害的性质、范围、程度；评定因果关系；评定污染治理与运行成本；评定防止损害扩大、修复生态环境的措施或方案）。在省、市司法行政机关的管理、指导和监督下，鉴定所秉乘“依法公正、科学求真”的践行方针，依托生态环境部直属公益性科研机构、科研实力雄厚的生态环境部南京环境科学研究所为平台，致力于为司法机关、仲裁机构、行政执法部门、企事业单位、社会团体及公民个人的仲裁、诉讼需求提供科学依据。

该所是经江苏省司法厅批准成立的专门从事电子数据鉴定业务的司法鉴定所。 司法鉴定许可证号：320114018。 该所拥有包括教授、博士、硕士在内的多名电子数据鉴定专家组成的鉴定队伍。具备稳定成熟的鉴定技术、正直可靠的从业素质，能够严格遵守司法鉴定规范，客观公正的出具司法鉴定报告。服务范围包括：电子数据司法鉴定、计算机数据获取及固定、手机数据获取及固定、数据恢复、密码破解、网络数据获取等。 该所接受全国各级公安、检察院、法院、税务、工商、党政机关、企事业单位、律师事务所及个人委托，提供公正、真实、规范的电子数据司法鉴定及数据恢复服务。