南京金陵司法鉴定所于2006年成立，鉴定业务范围有法医临床鉴定、法医病理鉴定、医疗损害鉴定、文书鉴定、痕迹鉴定等。 南京金陵司法鉴定所拥有共聚焦显微拉曼光谱仪、文痕检仪、神经电检诊仪、生物显微镜系统、金相显微镜系统、比较显微镜、体式显微镜、荧光显微镜、全套病理设备等各类中大型仪器30余台；全所现有工作人员四十四人，其中司法鉴定人二十九人，副高以上职称的鉴定人十八人，还聘请了包括医学临床各科主任、副主任医师等近七十人的外部专家团队。历年来出具的鉴定意见被法院、仲裁等机关广泛采纳，其中多例案件被中央电视台、各级媒体广泛报道，获得良好社会影响和评价。 2009年南京金陵司法鉴定所先后通过了中国合格评定国家认可委员会的认可和中国国家认证认可监督管理委员会资质认定，并相继获得《CNAS检查机构认可证书》和《资质认定审查认可证书》，成为江苏省首家全项通过CNAS认可的综合性司法鉴定机构。 自2008年以来，金陵所在参加司法部组织的能力验证满意通过率达96%；在全国优秀司法鉴定文书评选活动中连续获奖，其中“鼎永杯”二等奖、三等奖各一次，“宋慈杯”二等奖、三等奖各一次。

南京康宁司法鉴定中心是经江苏省司法厅批准，依法设立具有独立法人资格的司法鉴定机构（司法鉴定许可证号：320114021），是独立于公检法系统之外的第三方鉴定机构，鉴定结论具有法律效力，为公检法司所认可。目前已核定开展的鉴定业务有：法医临床鉴定、法医病理鉴定、法医毒物鉴定、法医物证鉴定、文书鉴定、痕迹鉴定，声像资料鉴定、电子数据鉴定。其中DNA（亲子鉴定、亲权鉴定等）、笔迹、指纹、道路交通事故技术、声纹统一性、语音资料和录音文件的分析处理及真实性、视频图像的分析处理及原始性和真实性、电子数据恢复、文件一致性等鉴定位居行业前沿领域。

苏交科司法鉴定所是经江苏省司法厅审验批准并接受南京市司法局管理的专门从事痕迹鉴定、微量物证鉴定的物证类司法鉴定机构。本所拥有一批长期从事疑难痕迹检验、鉴定及从事汽车和道路桥梁科研、检验设计和试验检测的专家，同时拥有200多台套检测设备。本所实验室通过国家试验及计量认证资质和检查机构认可。为司法机关、仲裁机构、行政执法部门、法人、社会团体及公民处理刑事、民事纠纷等提供服务。

该所经江苏省司法厅批准，于2006年11月成立，并依托建院有20年历史、集医疗、教学、科研为一体的南京金陵中西医结合医院（原南京金陵男科医院），拥有性功能障碍实验室、性功能特检室、夜间阴茎勃起监测（NPT）室、彩色多普勒超声波室、临床检验中心等科室，按照司法部《司法鉴定机构仪器设备配置标准》要求配置全套性功能障碍实验室特殊检测仪器，专业从事男性性功能鉴定，为道路交通事故、职工工伤、人身伤害、医疗纠纷、婚姻纠纷、涉嫌性侵害等案件中涉及性功能的问题提供法律依据。