该所母体单位成立于1991年，隶属于南通市城乡建设局，具有独立法人资格，是南通市建设领域检测项目最全的检测机构、全市唯一的建筑工程质量仲裁检测机构和司法鉴定机构。荣获江苏省首批“十佳检测机构”称号，2005年通过国家实验室认可，所出具的数据获得签署互认协议方国家和地区认可机构的承认，可承担政府投资和重大、重要项目检测。连续六届荣膺“南通市文明单位”，2012年以来被中央文明委评为“全国文明单位”，被人力资源社会保障部、住房城乡建设部表彰为“全国住房城乡建设系统先进集体”，被江苏省文明委授予“江苏省文明单位”荣誉称号。对外独立开展检测业务，为社会提供科学、公正的检测数据和报告。2014年7月16日成立的南通市建筑工程质量检测中心司法鉴定所，现有19名司法鉴定人，鉴定业务范围为微量鉴定（建筑工程质量检测）。

该所是隶属于启东市人民医院，面向社会服务的非独立法人机构。启东市人民医院是启东唯一一所集医疗、教学、科研、急救为一体的三级综合性医院，以雄厚的实力为该所司法鉴定工作的开展提供了强有力的硬件保障。目前医院拥有1.5T高场磁共振机、40层螺旋CT、X线数字减影成像系统（简称DSA），DR/CRX线摄片机、体外高频热疗机、日立7170/7180全自动生化仪、高压氧舱、腹腔镜、胆道镜、宫腔镜、阴道镜、超细电子胃镜、电子肠镜等大中型现代化设备100多件，同时医院还设置有现代化的检验中心。启东市人民医院在现代化医院的建设过程中，大力实施“人才兴院”和创名院、建名科、树名医的“三名”战略，以“以人为本”的服务理念，坚持“以病人为中心，提高医疗服务质量”为主题开展医院管理年活动，努力构建和谐医院，促进和谐社会，鉴定所成立于2006年，现有13位司法鉴定人，已完成鉴定数千余人次。