机构于2007年经省厅核准登记执业，秉持“公平、公正、客观、科学”的执业准则，承接各司法机关及个人、企业委托。为了能够响应省厅要求，规范执业场所及解决机构单一的鉴定项目，机构于2013年投入100多万进行1200平方经营场所装修搬迁，内设有采血间，样品保存室、试剂保存室、实验室、档案室、案件受理室、法医检查室、会议室；其中实验室按基因检测要求分为基因前处理、分子扩增、基因提取、基因分析室。并于2016年7月获福建司法厅批准增加法医毒物鉴定（酒精检测鉴定）、法医物证鉴定（亲权司法鉴定）。

福建华闽司法鉴定中心是2002年经福建省司法厅登记批复成立，司法部备案的面向全社会开展司法鉴定，具有独立法人资格的综合性司法鉴定服务机构，司法鉴定许可证号：350502001。前身为泉州东南医院协和司法鉴定所，为响应司法部、省司法厅做好转型升级、做大做强司法鉴定事业，更好地为公民提供客观、公正、优质的司法鉴定服务的精神，在省司法厅、泉州市司法局领导的直接关怀下，2013年更名为福建华闽司法鉴定中心。 执业范围：法医临床鉴定、法医物证鉴定（含亲权鉴定、个体识别等）、法医毒物鉴定、法医病理鉴定、文书司法鉴定、痕迹司法鉴定。