该所于2007年4月经江苏省司法厅批准成立，主要从事法医毒物鉴定，现有司法鉴定人3名。该所早在1989年通过江苏省级计量认证，2003年10月通过中国实验室国家认可委的认可，建立了一整套完整成熟的质量管理体系，从而保证了检测工作的科学公正及其结果的准确可靠。该所占地面积23000平方米，其中试验场地 5000 平方米。检测管理人员和检测支持保障人员72人。检测相关人员中具有硕士研究生以上学历15人，大学本科学历48人，其中高级职称者16人，中级职称者28人。拥有液相色谱-离子阱-飞行时间质谱联用仪、在线GPC－GC/MS系统、高效液相色谱仪、电感耦合等离子体质谱仪、三重四极杆气相色谱质谱联用仪、全自动快速生物质谱微生物检测系统、微生物全自动平板接种系统、气相色谱仪、气质联用仪、离子色谱仪、原子吸收分光光度计、总有机碳分析仪、原子荧光分光光度计、全自动多通道固相萃取仪、全自动快速溶剂萃取仪、紫外分光光度计、十万分子一克电子分析天平、微生物快速检测仪、PCR扩增仪等一批高精尖设备，仪器齐备总价达4000多万元，万元以上仪器设备达300余台。

南京大学环境规划设计研究院股份公司发源于南京大学环境科学与工程学科群，坚持实践、科研、教学相结合的发展思路，严守“责任、诚信、公益、创新”的价值理念和“求实、求是、求精”的质量方针，利用综合性院校的优势，以科技创新为支撑，在土壤、固废、大气、地表水、地下水、农村、自然、生态环境等多个领域开展工作，包括研究咨询、论证评估、风险防控、危废鉴别、环境监理、工程设计、设施运营、环境健康和安全专题培训等，已成为集环境规划、全过程咨询、工程技术服务及培训于一体的综合性环境科研服务机构。 南京大学环境规划设计研究院股份公司于2014年7月被列入“江苏省人民法院委托鉴定机构电子信息平台”，是江苏省法院系统具有工程设计、环境污染损害鉴定、环境污染物行政鉴定、环境污染治理设施运营等4大类鉴定类别的鉴定机构。 2018年11月，南京大学环境规划设计研究院股份公司司法鉴定所经江苏省司法厅批准，依法成立了专业司法鉴定机构，该机构是独立于公检法系统之外的第三方鉴定机构，鉴定结果具有法律效力。核定开展的鉴定业务有：环境污染物理化性质鉴定（危险废物鉴定、有毒物质鉴定、以及污染物其他物理、化学等性质的鉴定，），地表水和沉积物环境损害鉴定、 土壤与地下水环境损害鉴定。 在省、市司法行政机关的管理、指导和监督下，鉴定所秉乘“依法公正、科学求真”的践行方针，依托南京大学环境学院、法学院、商学院等优质资源，综合运用经济、法律、技术等手段，致力于为司法机关、仲裁机构、行政执法部门、企事业单位、社会团体及公民个人的仲裁、诉讼需求提供科学依据。 司法鉴定所办公场所面积达2600多平方米，实验室面积达1085平方米，拥有现代化的鉴定仪器和检验设备，完善的实验室检测条件，雄厚的技术保障，并制定了标准化的管理体系。拥有一支结构合理，专业齐全的高水平司法鉴定专业人才队伍。现有执业鉴定人11名，其中具有高级职称6人，硕士以上学历10人。同时邀请全国环保系统、检察院、高等院校、科研院所、行业团体中具有影响力的专家、教授和学者组成了院内生态环境损害司法鉴定专家委员会，定期举办研讨会议，为鉴定评估业务的技术及规划指明发展方向。

司法鉴定科学研究院创建于1951年，前身是1932年成立的司法行政部法医研究所。新中国成立后，曾分别隶属于华东军政委员会司法部、最高人民法院华东分院、司法部、公安部，1960年因故撤销。1983年经国家科委批准正式复建司法部司法鉴定科学技术研究所。2017年10月14日，经中央机构编制委员会办公室批准更名为司法鉴定科学研究院，是司法部直属的司局级科研事业单位。 司法鉴定科学研究院执行中央编办、司法部赋予的承担“司法鉴定领域的基础研究、应用研究和高新技术研究；全国重大疑难案件的司法鉴定和技术指导；司法鉴定高端人才的培养培训；国内外学术交流等工作”职能。目前有职工224人，其中党员106人，专业技术人员占78%，高级专业技术人员占专业技术人员总数的60%。享受国务院特殊津贴10人。仪器装备已达到国际先进水平。 研究院设有法医病理学、法医临床学、法医精神病学、法医物证学、法医毒物化学、微量物证学、文件鉴定学、声像鉴定学、痕迹鉴定学、电子数据鉴定、道路交通事故技术鉴定、环境损害司法鉴定、司法鉴定制度与法规等专业。办有中文核心期刊《中国司法鉴定》和《法医学杂志》，英文期刊Forensic Sciences Research。 科学研究是研究院的基础工作。长期承担国家科技部、国家自然科学基金委、司法部和上海市科委的重点科技攻关项目，牵头主持了“十二五”国家科技支撑计划项目、“十三五”国家重点研发计划，在系统毒物分析、毛发中毒药物鉴定、有毒动植物鉴定、死亡原因鉴定、伤病关系鉴定、道路交通事故综合鉴定、男性性功能鉴定、听觉视觉功能鉴定、复杂亲缘关系鉴定、文件材料鉴定、声纹鉴定、法医精神病鉴定、司法鉴定管理制度研究等方面处于国内领先地位，某些领域已达国际先进水平。2009年被确立为“上海市法医学重点实验室”。2010年获批设立博士后科研工作站。2019年获批建设司法部司法鉴定重点实验室。 司法鉴定是研究院的主要职能工作。作为司法鉴定的“国家队”，主要承担全国各地公、检、法等机构送检的重大、疑难、复杂、敏感、涉外案件的司法鉴定。同时接受企事业单位、社会团体和个人的委托，对交通事故、民事纠纷、仲裁等活动中所涉及的专门性问题进行技术检验和技术鉴定。现年承担刑事、民事和行政等各类案件的司法鉴定近3万例，在维护国家安全、公民合法权益以及纠正冤假错案、化解纠纷冲突、维护社会稳定和保障司法公正等方面发挥了重要作用。2009年获“全国司法鉴定先进集体”称号。2010年被遴选为“国家级司法鉴定机构”。 教育培训是研究院的基本任务。作为全国司法鉴定人继续教育基地与复旦大学、苏州大学、华东政法大学、南方医科大学、四川大学、温州医科大学、中国刑事警察学院、上海工程技术大学、南京医科大学、山西医科大学、内蒙古民族大学、中国药科大学、上海政法学院、上海公安学院联合培养司法鉴定本科、硕士、博士研究生，促进了我国司法鉴定行业的队伍建设和人才储备。 技术指导是研究院的重要职能。作为行业主管部门依托的技术平台，承担司法鉴定领域国家标准和行业技术规范的研制，积极推进司法鉴定技术创新和标准体系建设。自2005年以来，经国家认可委和司法部授权，组织开展年度司法鉴定行业能力验证活动，实施鉴定质量评估，为政府监管提供技术支持，推进鉴定机构的规范化发展。2018年获批国家级服务业标准化示范项目。2019年，研究院牵头研制的11项司法鉴定国家标准正式颁布。2020年荣获2020年度中国标准创新贡献奖组织奖。 研究院按照《检验检测机构资质认定能力评价 检验检测机构通用要求RB/T214-2017》《检验检测机构资质认定能力评价 司法鉴定机构要求RB/T219-2017》以及《司法鉴定/法庭科学机构认可指南CNAS-CL08:2013》建立了司法鉴定管理体系。按照CNAS-CL03:2010《能力验证提供者认可准则》（ISO/IEC17043:2010）建立了能力验证管理体系。在“以科学捍卫公正”核心价值理念引领下，分别确立了“严谨求是、科学规范、独立客观、准确公正”和“严谨求是、科学规范、客观公正、专业高效”的质量方针，确保以公正的行为、规范的程序、科学的方法、正确的结论，为司法实践和行业发展服务。研究院是我国首家通过实验室认可、检查机构认可、能力验证提供者认可以及国家级实验室/检查机构资质认定“五合一”评审的司法鉴定机构，在我国司法鉴定事业中发挥了重要的示范、引领和推动作用。 研究院也是我国司法鉴定领域对外交流与合作的重要平台。根据对应对等原则，多次受命代表中国司法鉴定行业出访美国、英国、荷兰、俄罗斯、乌兹别克斯坦、澳大利亚、德国、南非、韩国、瑞士、比利时、日本等国以及港、澳、台地区，并与上述国家（地区）的司法鉴定官方机构建立了合作关系。创办了两年一届的“司法鉴定理论与实践研讨会”。