技术中心主要开展食品、农产品、动植物及其产品、化矿金产品、机电产品、包装材料的检验检疫、检测检验鉴定，以及科研制标、技术研究开发等业务；承担严格把关、保国安民，执法把关、服务外贸，促进地方经济发展，提供技术保障的职责。 技术中心同时挂牌“海峡两岸农产品检验检疫技术厦门中心”（中编办批复的独立法人机构，全国唯一冠于“海峡两岸”的食品农产品专业检测机构），“厦门检验检疫科学研究院”。 技术中心下设食品安全、工业品安全、环境安全、生物安全四个板块，7个专业实验室、1个分中心和6个综合管理部门（详见附件1）。 技术中心已建成9个国家重点实验室：农产品安全检测、罐头检测、燕窝及燕窝制品检测、食品接触材料检测、石材建材矿产品放射性检测、电气安全检测、健身器材安全检测、蔬菜种子与植物种传病毒检疫、甲壳动物检疫。