该所是扬州大学的内设机构，挂靠扬州大学测试中心，2014年3月25日获江苏省司法厅的审批，5月19日挂牌成立，现有司法鉴定执业人32人，目前从事物证类（痕迹和微量物证）和声像资料两大类的司法鉴定工作，成立四年来，鉴定业务量逐年增加。

仪征市人民医院司法鉴定所于2006年8月11日依托仪征市人民医院成立，现有执业司法鉴定人10名，全部拥有副主任医师以上技术职称，鉴定业务范围为法医临床鉴定（一般活体鉴定，听觉功能鉴定，视觉功能鉴定），2015年度，我所法医临床伤残程度鉴定，法医临床学伤残程度鉴定（听觉功能鉴定）在省厅能力验证工作中均为满意，相关鉴定业务2011年7月18日通过江苏省资质认证。

扬州市江都人民医院司法鉴定所成立于2006年08月11日，注册地位于江苏省扬州市江都区东方红路9号。经营范围包括法医临床鉴定(一般活体鉴定,听觉功能鉴定,视觉功能鉴定 ）

苏北医院司法鉴定所是江苏省司法厅于2006年1月省内首批批准成立的面向社会服务的司法鉴定机构，在1996年即在国内首批开展DNA鉴定工作，是苏北苏中地区唯一经省司法厅和法院认可有法律效应的亲子鉴定机构。本中心汇聚了苏北医院法医临床、法医物证学等学科的高级专门人才，依托苏北医院，拥有先进配套的检测设备，坚持公正准确、科学规范的服务宗旨，以先进的技术、科学的态度、良好的素养，竭诚为司法机关、律师、当事人提供司法鉴定服务。使扬泰地区乃至苏北、苏中地区的老百姓以往要去上海、南京所做的鉴定在家门口即得到了同样良好的服务，由于坚持了正确的办所方针，我所的工作得到了社会的认同。2010年获江苏省司法系统先进集体称号，2010年顺利通过江苏省司法鉴定机构省级计量认证的评审。

扬州东方医院司法鉴定所成立于2006年09月07日，注册地位于江苏省扬州市文昌西路38号。经营范围包括法医临床鉴定（一般活体鉴定，听觉功能鉴定，视觉功能鉴定）

江苏省扬州五台山医院司法鉴定所，成立于2001年，位于江苏省扬州市。