该所成立于2005年10月01日，是连云港首家成立的司法鉴定机构。司法鉴定依托市三院特有资源，拥有一支高级专家组成司法鉴定人员队伍，现有执业司法鉴定人员16名，辅助人员4名。司法鉴定业务为法医临床（一般活体鉴定，听力功能鉴定，视觉功能鉴定）、损伤鉴定、伤残程度鉴定和亲子鉴定。司法鉴定人员每年报名参加能力验证并顺利通过评估验收。2010年，该所通过了省级资质认证。司法鉴定现设有接待室、鉴定室、办公室、会鉴室、档案室、会议室等，鉴定仪器配备基本实现标准化，能够为当事人提供及时有效的鉴定服务。司法鉴定所自2005年成立以来，实现了司法鉴定零投诉、零差错，先后多次被上级主管部门评为先进单位，有多人被评为省、市司法鉴定工作先进个人。