该所母体单位成立于1991年，隶属于南通市城乡建设局，具有独立法人资格，是南通市建设领域检测项目最全的检测机构、全市唯一的建筑工程质量仲裁检测机构和司法鉴定机构。荣获江苏省首批“十佳检测机构”称号，2005年通过国家实验室认可，所出具的数据获得签署互认协议方国家和地区认可机构的承认，可承担政府投资和重大、重要项目检测。连续六届荣膺“南通市文明单位”，2012年以来被中央文明委评为“全国文明单位”，被人力资源社会保障部、住房城乡建设部表彰为“全国住房城乡建设系统先进集体”，被江苏省文明委授予“江苏省文明单位”荣誉称号。对外独立开展检测业务，为社会提供科学、公正的检测数据和报告。2014年7月16日成立的南通市建筑工程质量检测中心司法鉴定所，现有19名司法鉴定人，鉴定业务范围为微量鉴定（建筑工程质量检测）。