该所母体单位成立于1991年，隶属于南通市城乡建设局，具有独立法人资格，是南通市建设领域检测项目最全的检测机构、全市唯一的建筑工程质量仲裁检测机构和司法鉴定机构。荣获江苏省首批“十佳检测机构”称号，2005年通过国家实验室认可，所出具的数据获得签署互认协议方国家和地区认可机构的承认，可承担政府投资和重大、重要项目检测。连续六届荣膺“南通市文明单位”，2012年以来被中央文明委评为“全国文明单位”，被人力资源社会保障部、住房城乡建设部表彰为“全国住房城乡建设系统先进集体”，被江苏省文明委授予“江苏省文明单位”荣誉称号。对外独立开展检测业务，为社会提供科学、公正的检测数据和报告。2014年7月16日成立的南通市建筑工程质量检测中心司法鉴定所，现有19名司法鉴定人，鉴定业务范围为微量鉴定（建筑工程质量检测）。

该所是南通地区最早经江苏省司法厅批准设立的司法鉴定机构，现有工作人员20余人，其中司法鉴定人10余人，鉴定人员形成了老、中、轻三个递队，具有丰富的司法鉴定经验。同时还聘请有丰富经验的各科专家与我所鉴定专家共同组成技术委员会，及时解决司法鉴定中的疑难问题，以确保鉴定工作的科学性和公正性。 该所依法面向社会受理经省司法厅核准的鉴定业务，包括：损伤程度鉴定、伤残程度评定、休息、护理、营养时限评定、听觉功能评定、视觉功能评定和毒化（乙醇）检测等。 该所一直重视自身的建设和发展，不断改善办公条件和鉴定环境，规范执业行为；拥有完善的管理制度、严格的鉴定流程和工作程序，先进的硬件设备和雄厚的技术力量，鉴定队伍有良好职业道德操守和高水平的专业知识。