江苏省理化测试中心司法鉴定所是依托江苏省理化测试中心成立的司法鉴定机构，是南京市司法鉴定协会环境损害和理化专委会主任委员单位。机构于2012年8月正式获得司法厅颁发的司法鉴定许可证，许可范围：微量物证鉴定、环境损害鉴定（环境污染物性质鉴定（危险废物鉴定、有毒物质鉴定、污染物物理化学性质鉴定））。 　　司鉴所质量管理体系健全，目前获得检验检测机构资质认定（CMA）的检测项目约2600项，获得中国合格评定国家认可委员会实验室认可（CNAS）的检测项目约300项，主要涉及食品、环境、药品、化工等领域检测能力。 　　司鉴所承接的“涉案检材中罂粟碱、吗啡、那可丁、可待因和蒂巴因含量的鉴定”、“‘隆源村枣夹核桃仁’产品中脂肪含量的鉴定案”、“对承揽合同纠纷所涉设备进水出水水样COD含量进行微量物质物证鉴定案”等多个意见书被评为“江苏省优秀司法鉴定文书”，并收录在司法部司法行政案例库中。2017年司鉴所1人被南京市司法局评为“南京市首届十佳司法鉴定人”。

南京红十字血液中心司法鉴定所是2005年经江苏省司法厅首批审核批准设立的江苏省第一家司法鉴定所。司法鉴定所建有设备先进的分子生物学实验室，业务范围为法医物证鉴定（亲权鉴定）。从90年代开始通过血型检验技术进行亲子鉴定并多次为司法鉴定咨询提供服务，到2000年以后建立以DNA测序为基础的STR方法，司法鉴定所开展亲子鉴定工作已有近二十年历史。

苏交科司法鉴定所是经江苏省司法厅审验批准并接受南京市司法局管理的专门从事痕迹鉴定、微量物证鉴定的物证类司法鉴定机构。本所拥有一批长期从事疑难痕迹检验、鉴定及从事汽车和道路桥梁科研、检验设计和试验检测的专家，同时拥有200多台套检测设备。本所实验室通过国家试验及计量认证资质和检查机构认可。为司法机关、仲裁机构、行政执法部门、法人、社会团体及公民处理刑事、民事纠纷等提供服务。

江苏省人民医院司法鉴定所为2005年首批成立的司法鉴定机构，分设法医物证（亲权鉴定）和法医临床两个专业。已取得中国国家认证认可监督管理委员会颁发的资质认定证书（CMA）、中国合格评定国家认可委员会颁发的实验室认可证书(CNAS),是通过国家级评定的鉴定机构，鉴定意见书国际互认。亲权鉴定工作始于2000年，是江苏省最早应用DNA-STR技术进行亲权鉴定的实验室。目前已完成鉴定案例2万例以上，为省内亲权鉴定工作的重点单位。是江苏省法医物证专业委员会主任委员单位、南京市司法鉴定协会副会长和秘书长单位。

南京东南司法鉴定中心是经江苏省司法厅批准成立，受南京市司法局直接管理具有独立法人资格的综合性司法鉴定机构，通过国家认证认可和国家司法鉴定机构资质认定的权威鉴定机构，主要从事文书、痕迹、法医临床、法医病理、法医物证（各类亲子鉴定、个体识别）、法医毒化（包括酒精测试）、微量物证、心理测试、电子数据等司法鉴定实践及理论研究工作。中心拥有现代化仪器设备和办公场所，高技术职称和高学历人才优势明显。多年来，中心一直秉承“公正科学、及时准确、以法律己、优质服务”的质量方针，持续不断地为诉讼、仲裁等领域的当事人提供全面的专业问题解决方案。

该所依托医科大学的雄厚技术资源和人才优势，于2002年6月经江苏省司法厅批准正式成立的社会鉴定机构，并由最高人民法院向全国公示，其前身是南京医科大学法医学教研室，早在上世纪五十年代就开始从事法医鉴定工作。2005年3月在原有“南京医科大学司法鉴定所”基础上挂牌增设“江苏省妇女伤情鉴定中心”，2013年获得“江苏省司法鉴定先进集体”称号；2016年获得司法部司法鉴定管理局第二届“宋慈杯”优秀奖2；019年获得“全国公共法律服务工作先进集体”称号。 该所现有专业司法鉴定人22名，其中法医病理类鉴定人14名、法医临床类鉴定人15名、法医物证类鉴定人6名，具有高级职称11名，研究生以上学历的占54.5%；下设法医生物学实验室、解剖室、法医病理实验室、法医临床实验室（电生理检测等）、法医毒物实验室五个实验室，拥有专业检查、检测仪器（3130型全自动遗传分析仪、图像分析系统、视听觉电生理系统等、液相色谱质谱联用仪、顶空气相色谱仪、气相色谱质谱联用仪），总资产达800余万元。

南京康宁司法鉴定中心是经江苏省司法厅批准，依法设立具有独立法人资格的司法鉴定机构（司法鉴定许可证号：320114021），是独立于公检法系统之外的第三方鉴定机构，鉴定结论具有法律效力，为公检法司所认可。目前已核定开展的鉴定业务有：法医临床鉴定、法医病理鉴定、法医毒物鉴定、法医物证鉴定、文书鉴定、痕迹鉴定，声像资料鉴定、电子数据鉴定。其中DNA（亲子鉴定、亲权鉴定等）、笔迹、指纹、道路交通事故技术、声纹统一性、语音资料和录音文件的分析处理及真实性、视频图像的分析处理及原始性和真实性、电子数据恢复、文件一致性等鉴定位居行业前沿领域。