该所依托医科大学的雄厚技术资源和人才优势，于2002年6月经江苏省司法厅批准正式成立的社会鉴定机构，并由最高人民法院向全国公示，其前身是南京医科大学法医学教研室，早在上世纪五十年代就开始从事法医鉴定工作。2005年3月在原有“南京医科大学司法鉴定所”基础上挂牌增设“江苏省妇女伤情鉴定中心”，2013年获得“江苏省司法鉴定先进集体”称号；2016年获得司法部司法鉴定管理局第二届“宋慈杯”优秀奖2；019年获得“全国公共法律服务工作先进集体”称号。 该所现有专业司法鉴定人22名，其中法医病理类鉴定人14名、法医临床类鉴定人15名、法医物证类鉴定人6名，具有高级职称11名，研究生以上学历的占54.5%；下设法医生物学实验室、解剖室、法医病理实验室、法医临床实验室（电生理检测等）、法医毒物实验室五个实验室，拥有专业检查、检测仪器（3130型全自动遗传分析仪、图像分析系统、视听觉电生理系统等、液相色谱质谱联用仪、顶空气相色谱仪、气相色谱质谱联用仪），总资产达800余万元。

该所经江苏省司法厅批准，于2006年11月成立，并依托建院有20年历史、集医疗、教学、科研为一体的南京金陵中西医结合医院（原南京金陵男科医院），拥有性功能障碍实验室、性功能特检室、夜间阴茎勃起监测（NPT）室、彩色多普勒超声波室、临床检验中心等科室，按照司法部《司法鉴定机构仪器设备配置标准》要求配置全套性功能障碍实验室特殊检测仪器，专业从事男性性功能鉴定，为道路交通事故、职工工伤、人身伤害、医疗纠纷、婚姻纠纷、涉嫌性侵害等案件中涉及性功能的问题提供法律依据。