该所是隶属于南通市精神卫生中心的独立机构，其前身是经江苏省人民政府批准设立的南通市精神疾病司法鉴定委员会。南通市精神卫生中心自1969年建院伊始即开展精神疾病司法鉴定业务，几十年来，该中心秉承独立、公正、客观、科学、对法律高度负责的精神，规范管理，依法鉴定，司法鉴定质量得到广泛好评，在同行业中颇有声誉。 经过多年的发展，该中心司法鉴定所鉴定设备齐全、技术力量雄厚、管理规范科学，鉴定工作制度化，文书出具规范化，档案管理正规化，整个鉴定活动形成一整套完整有效的管理体系，从而确保了鉴定活动的高质量和高满意度。 该所始终注重自身业务能力的不断提高，积极鼓励撰写论文和开展科研活动，司法鉴定所每年均派遣2～3名专家参加全国各地的司法鉴定学术交流，每年均有数篇专业论文发表，鉴定所开展的“二项迫选数字应用于司法鉴定的抗伪装研究”科研课题于2007年获南通市卫生局新技术课题奖。