该所是依托江苏沿海地区农业科学研究所、盐城市农业科学院的人才技术优势依法成立的司法鉴定机构，技术力量雄厚，科研设施齐全。2002年经江苏省高级人民法院批准，并报最高人民法院备案，在《人民法院报》上公告，成为面向社会的司法鉴定机构，编号为苏盐19001，鉴定范围为农业科学技术(含农业技术经济)司法鉴定。2003年经江苏省司法厅批准成立盐城市农业科学院农业技术司法鉴定所，并报司法部备案，在《新华日报》上公告，鉴定范围为农业技术司法鉴定。2007年1月经江苏省司法厅批准单位名称变更为盐城市农业科学院司法鉴定所，司法鉴定许可证号320907007，鉴定范围为微量物证鉴定（农业技术）。2012年1月经江苏省司法厅批准司法鉴定业务范围变更为农业司法鉴定（农业技术鉴定、林业技术鉴定、园艺技术鉴定、种子农药化肥鉴定、畜禽养殖技术鉴定、水产养殖技术鉴定、农业事故损害鉴定）。